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PCR 全稱聚合酶鏈式反應（Polymerase Chain Reaction），指利用 Taq 和/或 Pfu 核酸酶驚醒的體外特異性擴增某特定核算序列

Rt-PCR 一般指反轉錄 PCR （Reverse Transcription PCR）其實就是將 PCR 與反轉錄結合，這樣就可以獲得多克隆的某一特異的 RNA 片段（通常是 mRNA）。首先將提取的 RNA 逆轉錄為 cDNA ，之后與常規(guī) PCR 一致。引物與常規(guī) PCR 沒有太大不同（序列特異性引物或隨機引物）有時候會用 mRNA 的特異性引物 Oligo dT （針對 mRNA 的標志性 poly - A 尾）。通常Rt-PCR 是為了分析細胞中蛋白質表達情況，會以細胞中自然表達的 beta-actin 作為內參分析蛋白質表達情況（beta-actin 認為是管家基因，在同種細胞中表達恒定）

qPCR 指熒光實時定量 PCR （Quantitative real-time PCR），有時也會被稱作實時/定量 PCR （Rt-PCR）。qPCR 使用一種特殊的探針—— Taqman 探針，其結構為一個 RNA 探針，兩端分別加上一個發(fā)光基團 R 和一個吸光基團 Q 。而且 qPCR 不使用 Taq 聚合酶，因為 Taq 缺乏其他 DNA 聚合酶擁有的 5' - 3' 外切酶結構域及其即時矯正機制。

簡單說，就是 rt 和 q 都是常規(guī) PCR 的變種。

此時 R 與 Q 同在探針上，距離較近，R 產生的熒光被 Q 吸收，所以不顯出熒光；當互補鏈 DNA 合成時，DNA 聚合酶向下游移動，其 5' - 3' 外切酶結構域就會切割探針，依次釋放出 R 和 Q。自由的 R 與 Q 距離較遠，互相之間沒有互作，所以不會影響 R 的熒光。

定義新參數 Ct 值（Cycle threshold，循環(huán)閾值）：每個反應管內的熒光信號到達設定閾值時所經歷的循環(huán)數。閾值通常設定為 3-15 個循環(huán)的熒光信號的標準偏差的 10 倍（為什么這么設定？可能只是約定俗成吧……我不了解）。Ct 值由實驗獲得。

每個模板的 Ct 值與該模板的起始濃度的對數存在相關性（具體推導過程我忘了……），即：

n 為擴增反應進行的輪數，X 為初始模板量，Ex 為擴增效率（通常不考慮，作為常數看待），N 為熒光擴增信號達到閾值強度時擴增產物的量。

顯然 X 的對數值與 Ct 值為負相關。利用已知 X 的標準品可作出標準曲線（有效地避免了對 Ex 的討論），以 lgX 為橫坐標，Ct 為縱坐標。因此，只要獲得未知樣品的Ct值，即可從標準曲線上計算出該樣品的起始拷貝數。

注：qPCR 還有一種 SYBRGreenⅠ法，但是本人比較熟悉 Taqman 法，所以就懶得講另外一個了，而且 SYBRGreenⅠ法感覺也比較簡單易懂，如果題主還有疑問我再寫吧……

再注：不同的 PCR 方法是可以搭配使用的，qPCR + rtPCR 通常稱為 rt-qPCR，以避免與 qPCR 全稱混淆。